中药制药废水主要来自于生产车间的中药材洗泡、蒸煮、冲洗和配制等工序。其中的污染物包含中药煎出的各种组分，如
中药制药废水不仅是制药废水的一大类别，具有有机浓度高、成分复杂、难以处理等共性，还具有自身独特的特点。
其色度较高，这是由于中药中的色素等成分在废水中的存在；波动性较大，可能与不同批次的药材处理及生产的基本工艺的变化有关；悬浮物比重较轻，难以自然沉淀，且含有较多难以沉淀的有机物。
物理法是去除悬浮物的常用手段，包括重力分离法、磁力分离法、筛滤截流法、离心分离法和蒸发结晶法等，这一些方法通常用于废水净化处理的预处理阶段。
常见的预处理设备设施有格栅、筛网、沉淀池等。然而，对于中药制药废水中较轻、较小的悬浮物，仅靠这三种方法难以完全去除，此时需要结合混凝气浮方法。
以某中药制药废污水处理项目为例，采用格栅 - 沉渣 - 混凝气浮工艺进行预处理。
机械格栅主要去除大块药渣，沉渣用于去除小块药渣和泥沙，混凝气浮则能去除悬浮颗粒并降低废水色度。其原理是，格栅通过物理拦截较大的固体杂质；沉渣利用重力作用使较重的小块药渣和泥沙沉淀；混凝气浮则是通过加入混凝剂，使微小的悬浮物形成较大的颗粒，再利用气浮原理，使这些颗粒上浮至水面去除。
生化处理法通常分为厌氧和好氧两种。这种方法处理废水成本低且稳定，常被作为具有一定可生化性废水的主要处理方法。
厌氧生物处理在厌氧菌的作用下，大分子难降解有机物被分解为小分子，可生化性能得到一定的改善，同时能有效去除污水中的 COD。其原理是厌氧菌在无氧环境下，通过一系列复杂的生物化学反应，将复杂的有机物逐步分解为较简单的物质，降低废水的有机物含量。
好氧生物处理好氧生物处理能有效去除大部分的氨氮、磷，使出水水质稳定。对于处理出水有较高总氮要求的废水，一般都会采用缺氧 - 好氧生化处理法。
例如某中药制药废污水处理项目采用 “水解酸化 + 多段生物接触氧化法” 作为生化处理工艺。
水解酸化的重点是提高废水的可生化性，为后续处理创造有利条件；生物接触氧化法采用多段式，能去除废水中的有机物、氨氮、总氮等污染物。其原理是在有氧条件下，好氧微生物利用废水中的有机物进行生长繁殖，同时将有机物转化为二氧化碳、水等无害物质。
由于中药制药废水的特殊性以及某些地方对废水排放的严格要求，深度处理必不可少。
化学除磷如果废水中的磷污染物经过生化处理后仍未达到排放标准，可采用化学除磷工艺。选择正真适合的除磷药剂，降低磷的浓度。该方法具有运行稳定、见效快、可控性好等特点。其原理是通过化学药剂与废水中的磷发生反应，形成不溶性沉淀，从而去除磷。
高级氧化当废水中的难降解有机物无法被微生物降解，经过生化处理后 COD 浓度仍未达标时，可采用氧化性较强的高级氧化方法去除这些物质。其原理是利用强氧化剂产生的自由基等活性物质，与难降解有机物发生氧化反应，使其分解为无害或较易降解的物质。
此外，还有砂滤、活性炭过滤等膜分离技术，可去除悬浮物等污染物，或者通过膜技术组合使废水达到回用标准。膜分离技术的原理是利用膜的孔径大小或特定的分离性能，对废水中的不同物质进行选择性分离。
